تعتمد الحوكمة الشاملة للمؤسسة الإسلامية لتأمين الاستثمار وائتمان الصادرات على الهيكل التالي الذي يتكون من 4 مستويات هي:
مجلس المحافظين
يتكون مجلس المحافظين من وزراء يمثلون الدول الأعضاء في مجموعة البنك الإسلامي للتنمية. وجميع السلطات الخاصة بالمؤسسة منوطة بمجلس المحافظين. ومع ذلك، يمكن لمجلس المحافظين تفويض بعض صلاحياته إلى مجلس مديري المؤسسة.
مجلس المديرين
مجلس المديرين هو نفسه مجلس المديرين التنفيذيين الخاص بمجموعة البنك الإسلامي للتنمية، وهو المسؤول عن التوجيه العام لعمليات المؤسسة الإسلامية لتأمين الاستثمار وائتمان الصادرات.
رئيس مجلس المديرين
رئيس مجموعة البنك الإسلامي للتنمية هو رئيس مجلس المديرين بحكم منصبه.
الرئيس التنفيذي
وفقًا لمواد الاتفاقية والقواعد واللوائح المعتمدة من مجلس المديرين وتحت الإشراف العام لرئيس مجلس المديرين، يكون للرئيس التنفيذي للمؤسسة كامل السلطات التنفيذية لإدارة شؤون المؤسسة. ويمكنه، ضمن الصلاحيات التي يفوضها له مجلس المديرين، أن يقوم باعتماد العمليات والاستثمارات التي تقوم بها المؤسسة، وأن يبرم العقود المتعلقة بها ضمن للمبادئ التوجيهية والقواعد واللوائح المعتمدة من مجلس المديرين.
يقوم الرئيس التنفيذي بحضور اجتماعات مجلس المديرين دون أن يكون له الحق في التصويت في تلك الاجتماعات.